琉球是现今的冲绳的旧名称，在1429年~1879年之间，长达450年左右的时间，曾是独立的国家，称为琉球国或琉球王国。但当时也同为中国的藩属国，曾向中国的明朝、清朝朝贡，在历史方面上有很多的交流。

琉球人的起源有很多说法，一说琉球群岛的住民的祖先是从九州南部移入。其他看法认为，与日本绳纹时代属于相同文化的人种在公元前10世纪到前3世纪之间，从中国中南部沿海地区来到包括琉球群岛在内的日本西南部地区，并从西向东扩散。中国有学者称认为，古琉球文化属于百越文化的分支之一。另一种说法是上古时代的琉球居民来自台湾，属于南岛语族。具体来自哪个地区尚有争议。琉球人的基因整体呈现亚洲各民族的极东形态，与北海道土著阿伊努族最为接近，而日本本土的和族基因序列基本处于琉球人与大陆人及朝鲜人区间。

琉球人有大量中国后裔，我们看1392年，明太祖有见于琉球对于来华使节海上航行的困难，特赐闽人善于造船航海的技术者三十六姓人家移居琉球。这一部分人在琉球繁衍生息，如今大量琉球人的血统中，都有这些人的基因痕迹。