檀健次出生于广西北海，他的父亲并不是日本人，而是在日本工作的外交人员，因为工作的关系曾被外派去日本工作，当时年仅五岁的檀健次也跟着父母去日本生活了一年。虽然后来的檀健次还是因为学业问题在上小学时回到广西北海老家读书，但每逢学校放假，父母还会接他去日本玩，现如今的檀健次的爸爸已经成为我国驻大阪的外交官。

 

但和爸爸不一样的是，檀健次从小对国际关系不感兴趣，也不打算继承父辈衣钵，从小就喜欢跳舞的他，此生最大的心愿就是能在舞台上发光发热。所以在考初中时，他选择入读北京舞蹈学院附中，后来更是凭借优异的专业成绩顺利保送北京体育学院的舞蹈专业。不过檀健次最后的选择并不是按部就班入读大学，而是去娱乐公司当练习生，因为他当时最想要的就是成为一名唱跳歌手。